iPhoneでは変換履歴を個別に削除することはできません。(すべての履歴の一括削除なら 設定 > 一般 > 転送またはiPhoneをリセット > リセット > キーボードの変換学習をリセット から可能。)ですが、代わりに変換履歴を一時的に残さないことはできます。
最近知ったのですが、Safariのプライベートブラウズ中は変換履歴が保存されないそうです。アドレスバーでもWebページ内のテキストボックスでもどこでもOKです。コピペすればどのアプリでも入力内容を使えますね。(Macでもこの特性は変わりません。)