突然ですが、私、デフォルト厨なんです。
どういうことかというと、ソフトウェアのよくわからない設定や、触る必要のない設定はすべてデフォルトにしておきたいんです。ことウインドウサイズになるとそれが顕著で、デフォルトサイズこそが最も美しいのであり、それから大きさ、比率が1pxでもずれると耐えられないのです。（位置は平気ですね。）
しかし、ウインドウというものは、何かの拍子に（境界をドラッグしてしまったり、意図しない“ありがたい”ソフトの機能だったり）大きさが変わってしまうことはよくあります。Windowsだったらよくわかっているので、その度に「んあああああ！」と憤慨しながら.iniファイルやレジストリをいじって直すのですが、まだ使用歴の浅いMacではそうもいきません。
そこで、OS Xのアプリケーションのウインドウサイズをデフォルトに戻す方法を調べて試してみたので共有します。
【簡単】設定を丸ごと初期化する場合
OS Xでは、アプリケーションごとに設定は.plist（プロパティリスト）というファイルに保存されています。
「じゃあ、設定を初期化するには当該アプリケーションの.plistファイルを見つけてごみ箱に突っ込むだけだね。」と思われますが、そうもいきません。実は、OS X 10.9 Mavericksからcfprefsdという機能が.plistファイルをキャッシュしておくようになったので、.plistファイルに手を加えても元に戻されてしまうのです。
でも解決法は簡単、cfprefsdプロセスをコロスだけです。
VLCを例として、実際にやってみましょう。
変な大きさになったウインドウです。
.plistファイルの削除
大抵の.plistファイルは、/Users/[ユーザー名]/Library/Preferences/にあります。
でも、/Users/[ユーザー名]/Library/は通常、見えないようになっています。そういうときは、Finderの「移動」メニューを表示させて「option」キーを押してみてください。
「ライブラリ」がピョコっと表示されますね。「option」キーを押したままライブラリを選択します。続いて、目的のPreferencesフォルダに移動します。
その中から、対象のアプリケーションっぽい名前の.plistファイルを探し出します。VLCの場合は、org.videolan.vlc.plistですね。
さあ、org.videolan.vlc.plistを削除（あるいはデスクトップにでも移動）してみてください。
ここでVLCを起動しても設定は元のままですね。
cfprefsdのkill
Launchpad→「その他」→ターミナルを開いて、
sudo killall cfprefsd
と入力しreturnキーを押します。そうしたら、ログインパスワードを入力します。
あ、パスワードは表示されませんが入力されてますので気にしないでください。
再度、VLCを開いてみましょう。
元に戻っていますね。成功です。
ウインドウサイズのみ初期化する場合
さっきの方法だと、簡単ですがすべての設定が初期化されてしまいますね。長く使っていたり、自分流にカスタマイズしているアプリケーションだと、それは困ります。
そこで次は、特定の項目のみ初期化する方法を説明します。Finderのウインドウサイズを初期化してみましょう。
これには.plistを編集する必要があるので、何らかのアプリを使います。Xcodeでもいいのですが…ここでは.plistの編集のみに特化したアプリを紹介しましょう。
Prefs Editorです。
Thomas Tempelmann - Prefs Editor
ウインドウサイズの設定の削除
インストールしたら、Finderの設定ファイルを探します。どこでしょう？
そう、/Users/[ユーザー名]/Library/Preferences/com.apple.finder.plistです。
com.apple.finder.plistをダブルクリックするとPrefs Editorが開くはずです。（開かない場合は副ボタンでクリックし、「このアプリケーションで開く」→Prefs Editor.appと進んでください。）
ウインドウサイズの設定項目を探しましょう。大抵、windowとかsize、bound、locationという言葉を含んでいます。
「{」で検索かけるのもいいですね。
なぜかというと、ウインドウの位置とサイズは{{x, y}, {w, h}}という4つの数字で表現されるからです。（Finderの場合です。単なるスペース区切りもよくある感じ。）
ここで、{x, y}はウインドウ左上の角の座標、{w, h}はそれぞれウインドウの横幅、縦幅です。（と思うのですが、Finderではyがどこから測っているのかよくわかりません。）
というわけで、ウインドウサイズっぽい項目を削除しましょう。
消したい項目を選択し、「-」ボタンを押します。どれがどのウインドウに対応しているかわかりにくいですが。
試してみたところ、普通のFinderウインドウがMyDocsLibrarySearchViewSettings下のWindowBounds、ごみ箱がTrashViewSettings下のWindowBoundsのようです。
削除しても、適宜復活するので(ﾟεﾟ)ｷﾆｼﾅｲ!!
Finderの再起動
設定を反映するためにFinderを再起動します。
「option」キーを押しながら、DockのFinderアイコンを副ボタンでクリックし、「再度開く」を選択してFinderを再起動します。
どうですか？ 元に戻りましたか？ 戻ってますよね？ 戻っているはずです！
以上！
[追記 2021/05/22] Finderのウインドウサイズは.DS_Storeファイルにも保存されているようです。元に戻らない場合は、当該フォルダの.DS_Storeファイルを削除してください。Finderの再起動は必要なかったかもしれません。
P.S. Prefs Editorなら、普通はいじれない設定も変更したりデフォルトに戻したりできるので、いろいろ試してみてください。
Safariの場合 [追記 2022/11/12]
最近のmacOSでは（SIPにより？）システムアプリケーションの一部が保護されていて上記の方法が使えません。defaultsコマンドを使わなければいけないようです。Safariのブラウザウインドウを初期化する場合、ターミナルを開いて以下を入力しreturn。
defaults delete com.apple.Safari "NSWindow Frame BrowserWindowFrame"
